Jeśli zdecydowałeś się na prowadzenie działań leczniczych, musisz pamiętać, że do twoich obowiązków będzie należeć nie tylko świadczenie usług, które nakierowane są na dobro pacjenta, ale także właściwe rozliczanie z fiskusem i prowadzenie stosownej dokumentacji. Jak rozliczają się lekarze? Wyjaśniamy, jaką formę działalności wybrać, kiedy wystarczy KPiR, jak opodatkowane są usługi medyczne (ryczałt, VAT, kasa fiskalna, KSeF) i co może się zmienić w 2027 roku.
Podmiot leczniczy i praktyka zawodowa – pojęcia i konsekwencje wyboru formy
Decydując się na rozpoczęcie prowadzenia gabinetu lekarskiego, punktem wyjścia jest określenie czy będzie to podmiot leczniczy, czy praktyka zawodowa. Działalność lecznicza może być bowiem prowadzona w różnych formach, a wybór jednej z nich pociąga za sobą określone konsekwencje, w tym dla sposobu prowadzenia księgowości.
Czym jest lekarska praktyka zawodowa? To osobiste wykonywanie praktyki i działalności przez lekarza, który do jej otworzenia musi posiadać uprawnienia wykonywania zawodu medycznego. Praktykę zawodową na takich samych zasadach mogą prowadzić także pielęgniarki (w tym położne), fizjoterapeuci, dentyści i diagności laboratoryjni.
Drugim sposobem na prowadzenie działalności leczniczej jest prowadzenie jej w formie podmiotu leczniczego. Może być nim:
- przedsiębiorca w rozumieniu ustawy o przedsiębiorcach we wszystkich formach przewidzianych dla prowadzenia działalności gospodarczej,
- samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej,
- jednostka budżetowa, w tym ta tworzona przez Ministra Obrony Narodowej,
- instytut badawczy,
- fundacja i stowarzyszenie, której celem jest wykonywanie zadań w zakresie ochrony zdrowia, a także jego jednostka organizacyjna posiadająca osobowość prawną,
- osoba prawna i jednostka organizacyjna, która działa na podstawie przepisów o stosunku państwa i kościoła katolickiego,
- jednostka wojskowa.
Co ważne, podmiot leczniczy może zostać założony przez osobę lub osoby, które nie posiadają uprawnień do wykonywania zawodu medycznego. W ramach takiego podmiotu działania lecznicze wykonywane są bowiem przez tzw. zakład leczniczy definiowany jako zespół składników majątkowych podmiotu.
Forma prawna podmiotu leczniczego i praktyki zawodowej
Kolejny krok to wybór formy prawnej prowadzonej działalności. Jeśli działalność leczniczą będziesz prowadzić jako praktykę zawodową masz do wyboru:
- jednoosobową działalność gospodarczą, która jest jedyną dopuszczalną formą w razie prowadzenia jednoosobowej praktyki lekarskiej, ale też pielęgniarskiej, dentystycznej, fizjoterapeutycznej, czy diagnosty laboratoryjnego,
- spółkę cywilną, jawną lub partnerską, którą możesz prowadzić, jeśli zdecydujesz się na praktykę zawodową grupową lekarską, pielęgniarską, fizjoterapeutyczną lub diagnostów laboratoryjnych.
Podmioty lecznicze mogą prowadzić natomiast swoją działalność w każdej formie dopuszczalnej dla działalności gospodarczej. Do wyboru są zatem:
- jednoosobowa działalność gospodarcza,
- spółka cywilna,
- spółka jawna,
- spółka partnerska,
- spółka komandytowa,
- spółka komandytowo-akcyjna,
- spółka akcyjna,
- prosta spółka akcyjna,
- spółka z o.o.
Pamiętaj, że wybór formy działalności wpływa na wiele kwestii związanych z codziennym jej funkcjonowaniem, w tym na formę prowadzenia księgowości.
Księgowość podmiotu leczniczego i lekarzy
W oparciu o jakie zasady prowadzić księgowość, będąc podmiotem leczniczym lub lekarzem działającym w ramach praktyki zawodowej? Wiele zależy od tego, jaką formę działalności wybierzesz. Jeżeli zdecydujesz się na praktykę zawodową w ramach jednoosobowej działalności gospodarczej do wyboru masz trzy formy opodatkowania:
- ryczałt od przychodów ewidencjonowanych,
- skalę podatkową,
- podatek liniowy.
Jeśli działalność prowadzi spółka z o.o., prosta spółka akcyjna, spółka akcyjna, spółka komandytowa lub komandytowo-akcyjna, pełna księgowość (księgi rachunkowe) jest obowiązkowa zawsze. Spółka cywilna, jawna i partnerska, której wspólnikami są osoby fizyczne, może prowadzić podatkową księgę przychodów i rozchodów, dopóki jej przychody nie przekroczą limitu opisanego niżej.
Należy także pamiętać, że konieczność prowadzenia pełnej księgowości może wynikać nie tylko z formy prowadzonej działalności, ale też z wysokości osiąganych przychodów. Księgi rachunkowe trzeba prowadzić, jeśli przychody za poprzedni rok osiągnęły równowartość 2,5 mln euro. Dla 2026 roku było to 10 646 500 zł (przychody za 2025 rok), a dla 2027 roku jest to 10 942 500 zł (przychody za 2026 rok, kurs NBP z 1 października 2026 r.).
Osobny i niższy jest limit dla ryczałtu: z ryczałtu można korzystać, jeśli przychody w poprzednim roku nie przekroczyły równowartości 2 mln euro (dla 2026 roku – 8 517 200 zł, dla 2027 roku – 8 754 000 zł). Lekarz na ryczałcie, który przekroczy ten próg, musi przejść na skalę podatkową lub podatek liniowy, zanim jeszcze dojdzie do limitu pełnej księgowości.
Podatki lekarza – ryczałt, VAT, kasa fiskalna i KSeF
Ryczałt 14%
Usługi w zakresie opieki zdrowotnej świadczone przez lekarzy, lekarzy dentystów, pielęgniarki czy fizjoterapeutów są na ryczałcie opodatkowane stawką 14% od przychodu. Ryczałt jest popularny wśród lekarzy na kontraktach, bo ich koszty są zwykle niewielkie. Przy wyższych kosztach (np. własny gabinet, sprzęt, personel) warto porównać go ze skalą i podatkiem liniowym.
Planowane zmiany w ryczałcie od 2027 roku (projekt)
Rządowy projekt nowelizacji (UD458) zakłada obniżenie limitu przychodów uprawniającego do ryczałtu z 2 mln euro do 250 tys. euro (ok. 1,1 mln zł) oraz stawkę 17% od przychodów przekraczających 300 tys. euro w roku. To na razie projekt, a nie obowiązujące przepisy. Lekarze z wysokimi przychodami z kontraktów powinni jednak już teraz przeliczyć, czy w 2027 roku nie bardziej opłaci się skala lub podatek liniowy.
VAT – zwolnienie dla usług medycznych
Usługi medyczne służące profilaktyce, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia są zwolnione z VAT niezależnie od wysokości obrotu. VAT może pojawić się przy usługach bez celu leczniczego (np. części zabiegów medycyny estetycznej) oraz przy niektórych opiniach i zaświadczeniach. Jeśli oprócz usług medycznych świadczysz takie usługi, zwolnienie z VAT przysługuje Ci, dopóki ich sprzedaż nie przekroczy 240 000 zł w roku.
Kasa fiskalna
Lekarze i lekarze dentyści, którzy świadczą usługi na rzecz pacjentów (osób fizycznych), muszą ewidencjonować sprzedaż na kasie fiskalnej online niezależnie od wysokości obrotu. Nie dotyczy to usług rozliczanych z podmiotami leczniczymi lub NFZ na podstawie faktur.
KSeF – także dla lekarzy zwolnionych z VAT
Lekarz na kontrakcie wystawia faktury szpitalowi, przychodni lub innemu podmiotowi leczniczemu. Takie faktury dla firm trzeba wystawiać w Krajowym Systemie e-Faktur:
- od 1 kwietnia 2026 r. – jeśli miesięczna sprzedaż dokumentowana fakturami przekracza 10 000 zł brutto,
- od 1 stycznia 2027 r. – wszyscy, także lekarze z kontraktami do 10 000 zł miesięcznie.
Faktury dla pacjentów (konsumentów) nadal mogą być wystawiane poza KSeF. Więcej o terminach i zwolnieniach przeczytasz w artykule o obowiązkach w KSeF w praktyce.
Standard rachunku kosztów – klucz do efektywnego zarządzania placówką medyczną
Zarządzanie placówką medyczną, niezależnie od jej wielkości, wymaga precyzyjnego kontrolowania wydatków i efektywnego planowania budżetu. W tym kontekście standard rachunku kosztów stanowi niezbędne narzędzie, które pozwala na analizę i optymalizację finansową działalności.
Czym jest standard rachunku kosztów?
Standard rachunku kosztów to zbiór zasad służących do klasyfikowania, ewidencjonowania i kalkulowania kosztów w podmiotach leczniczych – według ich rodzajów (np. koszty osobowe, materiałowe, usługi obce), miejsc powstawania (np. oddziały, gabinety, pracownie) oraz kosztów poszczególnych procedur medycznych.
Kogo dotyczy obowiązek?
Obowiązek wynika z rozporządzenia Ministra Zdrowia w sprawie standardu rachunku kosztów u świadczeniodawców. Dotyczy przede wszystkim podmiotów leczniczych realizujących umowy z NFZ, głównie szpitali, które na wezwanie przekazują dane kosztowe do Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji.
Dla pozostałych placówek – prywatnych gabinetów i przychodni bez kontraktu z NFZ – to nie obowiązek, ale dobra praktyka, która daje:
- kontrolę nad wydatkami – widać, które obszary generują nadmierne koszty,
- wiedzę o rentowności usług – łatwiej ustalić ceny i negocjować kontrakty,
- realistyczne planowanie budżetu i inwestycji, np. w sprzęt czy szkolenia personelu.
Jeśli szukasz obsługi księgowej dla Twojej lekarskiej praktyki zawodowej lub podmiotu leczniczego to zapraszamy do kontaktu z naszym biurem rachunkowym oraz zapoznania się z naszą ofertą księgowości online.
Zobacz również:
Pełna księgowość: Dla kogo i kiedy należy na nią przejść?
Księgowość niepublicznych i prywatnych przedszkoli, żłobków, szkół oraz liceów